集约化养鸡生产的不断发展，新技术、新产品的不断投入，防疫水平的不断提高，为有效控制和消灭疫病提供了有利条件。然而由于传统和散养方式的普遍存在，集约化鸡场仍处于小群散养的包围之中，自然界的病原微生物对禽场的威胁仍然存在，给鸡场的防疫造成了困难；另外一些养禽场的防疫水平还跟不上养禽业的发展，存在着很多不足，如饲料营养成分不全，消毒药品种类少，质量欠佳，疫苗种类不全，质量不过关，没有现代化的诊断技术，没有足够的畜牧兽医人才，设备不配套，缺乏防疫消毒用的整套设备，鸡场中不同品种、年龄、用途的家禽饲养，致使防疫措施很难落实。因此，现代集约化鸡场疫病的发生、流行呈现出了新的特点。
新的疫病 (过去不明显或过去未曾发现的；过去从未发生过或很少发生的疫病)不断增多。 随着从国内外频繁地引进新的家禽(尤其是鸡的品种)，新的禽病也随之带了进来；同时随着养鸡场年限的增长，疫病的种类也不断增多。 如近几年来相继出现的鸡传染性法氏囊病(IBD)、鸡产蛋下降综合症(EDS76)，以肾病变为主的鸡传染性支气管炎(IB)、鸡病毒性关节炎、鸡传染性贫血(CIA)、禽脑脊髓炎(AE)、禽流感(其中最危险的血清型有H5、H7)等。
在主要病毒性疾病得到基本控制的情况下，细菌性疾病越来越严重。 如大肠杆菌病、鸡白痢沙门氏菌病、鸡慢性呼吸道病、鸡传染性鼻炎等。据初步统计，鸡细菌性疾病大约占 30%～40%，且在不断上升。特别是大肠杆菌病由于污染严重，血清型多，易变异，传播途径多，表现的类型多，已成了当今养鸡业很棘手的病。由于鸡场药物品种少，长时间使用单一抗菌素，致使抗药菌株不断出现，治疗效果普遍较差，给集约化鸡场造成较大的经济损失。为此我们可以通过净化环境；通过药敏试验 来选择用药，克服因抗药性对治疗效果的影响；也可以注射疫苗 (但是一定要用本地苗株加上标准菌株制成的多价苗才有效)，可明显降低发病率。
条件致病性病原引起的疫病增多 (如 鸡萄萄球菌病、绿脓杆菌病、肉鸡矮小综合症等)。这些疾病以前人们不曾重视，但由于集约化鸡场饲养密度大，禽舍潮湿，通风不良等因素，引起本病的暴发，特别是在一些环境卫生条件差、防疫水平低的鸡场易发生。据张中直教授调查表明：饲养白羽产白壳蛋鸡和白羽肉鸡对鸡葡萄球菌病非常易感，可造成20%～50%的死亡率；雏鸡，特别是新生雏鸡的绿脓杆菌感染可造成25%～50%的死亡率。
某些疫病在流行特点、临床表现和病理变化方面出现了新的变化，发生了新特点： 如以前呈现高发病率、高死亡率、典型临床症状发生的鸡新城疫，现在逐渐被非典型性新城疫 所代替，表现为发病率不高、临床症状不明显，病理剖解变化不典型，死亡率低，这给本病的诊断、防疫造成了很大的困难。其主要原因是疫苗质量、免疫方法、途径的选择不当，免疫间隔不合理，缺乏免疫监测手段等，造成鸡群免疫不均衡而引起的。又如鸡白痢已由雏鸡逐渐发展到成年鸡，可造成产蛋率下降。
多原因的混合感染增多 。集约化养鸡的特点决定了禽病发生的复杂性，往往呈现多发性、并发性感染，很少单独发病。如坏死性肠炎，梭状芽胞杆菌感染常与球虫病有关 ； 大肠杆菌所致的肠道感染与病毒 (如轮状病毒、冠状病毒)有关；支气管炎病毒或喉气管炎或支原体混合感染，引起呼吸道病； 法氏囊病毒与鸡新城疫病毒混合感染 等。混合感染后会产生混合的临床症状，这些症状会随各种病原体之间的比例改变而改变，而很少产生典型的临床症状，给这些疾病的诊断、治疗或根除造成了困难。
营养、代谢和中毒性疾病必须引起养鸡工作者的关注 。这类疾病种类繁多、发病机理复杂，具有 发病慢 (一般要经过几周、几个月甚至更长时间)， 发病率高 (往往呈现出地方性流行)，病程长且多伴有酸中毒和神经症状，体温偏低，病鸡多有生长发育受阻、营养状况不良，消化机能紊乱和生产性能降低等各种各样的表现，没有传染性。 该类疾病早期诊断困难，一旦发生往往造成重大损失。一般日粮中营养物质不全、量不足或比例不当；患了慢性胃肠道疾病、肝病等造成消化不良；特定时期的营养需要量增加(如在应激、发热、疫苗注射时对维生素的需要量增加)；饲料中抗营养物质的作用(如豆科植物里的胰蛋白酶抑制因子可导致蛋白质的消化吸收、利用机能障碍等)；污染因素(如工业三废、农药化肥、霉菌毒素等)；长时间、大剂量的应用磺胺、抗菌素，造成肠胃微生物区系的紊乱而影响消化吸收，从而导致营养代谢病的发生。
加强兽医卫生管理，强调综合的防治措施是控制和消灭疾病的重要措施。欲提高免疫效果，必须给鸡群创造一个良好的生活环境，切实落实家禽防疫条例，最大限度地减少环境污染，真正达到控制或消灭疾病的目的。
